Damit ätherische Öle wirken können, müssen sie vom Körper aufgenommen werden. Dies geschieht über die Haut als Einreibung, Massage oder Kompresse, über die Atemwege durch Inhalation und innerlich durch Einnahme. Die Wirkstoffe der ätherischen Öle gelangen so in den Blutkreislauf und erreichen so die Organe. Bei der Aufnahme über die Haut wirken die Öle gleich zweifach: lokal und über die Aufnahme in den Blutkreislauf.

Auf Grund ihrer unterschiedlichen chemischen Zusammensetzung haben die einzelnen ätherischen Öle verschiedene Anwendungsbereiche, z.B.:
Verdauungssystem: z.B. Pfefferminze, Ingwer, Rosmarin, deutsche Kamille, Teebaum, Lavendel
Atmungsorgane: z.B. Eukalyptus globulus, Sandelholz, Teebaum, Rosmarin, Zitrone, Myrte
Immunsystem: Eukalyptus, Lavendel, Rosmarin, Teebaum, Benzoe, Zitrone

Allen ätherischen Ölen ist gemeinsam, dass sie antibakterielle, antivirale, antiseptische, antioxidative und fungizide Eigenschaften besitzen.
Ätherische Öle können entzündungshemmend, schmerzlindernd, durchblutungsfördernd, etc. wirken. Einige Öle wirken als Insektizid wie z.B. Zitronengras oder Rosengeranie.

Über den Geruchssinn werden die Duftmoleküle der ätherischen Öle wahrgenommen. Die Düfte wirken auf das limbische System, eines der ältesten Gehirnareale, das z.B. für die Verarbeitung von Emotionen, das Triebverhalten oder das Belohnungssystem zuständig ist.
Durch diese Reaktion kann die Hormonproduktion angeregt werden, die ätherischen Öle wirken entspannend, antidepressiv, schlaffördernd oder auch anregend auf die Psyche.